Налоги из другого региона не вернуть. Письмо ФНС России от 12.09.11 № ЗН-4-1/14772

Порядок возврата сумм налогов, ошибочно перечисленных по УФК казначейства, которому они не предназначались, на данный момент не утвержден. Поэтому вернуть в таком случае ошибочные платежи обратно у компании не получится.